博納老闆于冬揚言，要把林超賢捧成「十億導演」，縱使《湄公河行動》成本一再加碼，亦甘之如飴。「一直有接觸內地，希望我拍警匪片，但我堅持要對內地文化有充分理解，當聽到湄公河這單慘案，了解後感覺有發揮空間，始終這是真實案件，也不在內地發生，正好切合我想做的事，不用兼顧『接地氣』的問題。」他認真搜集資料，甚至深入不毛之地實地考察，「透過雲南前線警員的關係，引領我們到了金三角一條毒品村，若以香港人的眼光，就像西貢其中一條村，但村屋裝修得更美，間間屋起碼有三、 四輛靚車，所見的都是婦孺，幾乎看不到成年男人，他們都要出外工作。」有拍照嗎？「不能，而且事先說明只能留在車裏，不可落地，村民對陌生人相當敏感。」
林超賢渴望以實景拍攝，偏偏這單案牽涉多個國家，審批難免耗時甚久，「對泰國來說，這單案稱得上是醜聞，有一個軍人組織與毒犯勾結釀成事件，第一次審核時的確遇到障礙，唯有做兩手準備，一方面想以柬埔寨取代，但那邊仍相對落後，配合製作有點擔心；那邊廂，則繼續找人協調，最後有外交部幫忙，反正這件案已是鐵一般事實，那位毒犯已繩之於法，只要我們呈現事實，沒有扭曲便可以。」
電影遊遍雲南、泰國、馬來西亞、緬甸等地取景，其中在大馬商場駁火一幕，槍林彈雨、天翻地覆，商場老闆肯定後悔莫及，林導演笑言：「日日都同商場嘈交！像我們這樣子飛車，地磚一定爆，坦白說，整場戲只有餐廳是搭出來的，也僅得一個CG鏡頭（電腦製作），就是餐廳將塌下來時，哮天（警犬）要衝出來，因為炸完後滿地玻璃碎，沒可能讓狗兒狂奔。」怨氣衝天，唯有以錢解決，「話就話由夜晚拍到翌朝十點，但我們一定拍到起碼十點半，再執拾商戶已沒了半天生意，要補償；一樓亦被我們打到沒辦法收拾，又要hold足一天補貼生意額，加加埋埋賠了不少錢。」賠償六或七位數字？「我沒理錢，總之監製計得掂條數，有問題才來找我。」