二〇〇三年的《海底奇兵》在全球票房共奪得九億多美元，如今才開續集算是來得遲。上次跟小丑魚做拍檔尋子的多莉今次做主角，短暫記憶力極差的她，已經忘記了家人，所以要展開一場尋親之旅，橫越太平洋，到達北加州的海草林，在北加州海洋生物學院裏找到父母。