你到底是向上帝禱告，還是向沉默祈禱？
宗教到底是什麼回事？信仰到底是什麼回事？在堅定與懷疑之間，在迫害和肉體酷刑之中，上帝是容許他的信徒苦受這些試煉，還是這個祂根本不存在，視而不見？
馬田史高西斯今時今日不再需要證明自己，選擇了一個近年最不商業、最不顧慮市場的題材，古代日本封建極權，到底是如何排除和殘害外來的宗教異己。
掌權的要有話語權，思想控制權，容不下外來的天主教傳教士和宗教，成為了日本子民心靈的王，於是用盡一切方法鎮壓迫害，思想上侮辱、肉體上殘害，屈打成猶大有之，屈殺成殉道者多的是，能扭曲信仰最堅定的那個傳教士源頭，等同否定了整個天主教的存在及明燈。
善用自然環境及環境聲音，去烘托信教之難、泥濘、險嶺、礁石、長途傳教和不人道匿藏的骯髒、飢餓和不文明，所有不足為外人道的折騰，都是信仰的考試；環境的戛然無聲，沉默無名為情緒製造最大的不安。無聲，與被遺棄的孤立，動搖也侵蝕人的意志。導演不惜多費筆墨，甚至冒上拖滯的險，一而再強調吃得苦中苦，聖人都有極限。
在壯烈犧牲和選擇性屈服之中，本片反思的不是沉默，是 doubt。信仰最忌信不夠，「不要怕，只要信」，但眼前的虐待是超越人體所能承受的，史高西斯要我們都問：我再堅定，有沒有價值。為了問這問題，背後其實說宗教不是考驗信仰之堅定，還考驗人性的醜陋、權力的醜陋、沒有宗教自由的醜陋。
在精細和高技巧的拍攝中，它刻意沉重、用力受苦，彷彿要逼看官也質疑自己。沒有人可以解釋上帝的沉默，為什麼祂默許一切災難，但人可以用信仰去養自己的心，接受有時上帝的沉默是信仰一部分，自己能夠善，能夠受疑惑中不動搖，形式上的背叛，根本不重要。懷疑是關於自己，信仰是關於祂。