故事的時空處於「不未來的未來」，一個連接網絡還要駁線的年代。這個年代，人類科技發展到可以把腦袋和思想保存下來，殘缺的身驅則可以由機械義體來代替，即是電影的英文本名「Ghost in the shell」，「Ghost」即靈魂，「Shell」即載體。 主角草薙素子（施嘉莉祖安遜飾）開場不久即不聽從公安九課上級命令，在頂樓一躍而下，踢破玻璃，一場廿二世紀殺人網絡式的名場面隨即展開，然後是逃離控制，追尋真兇，找回自己真正身分的「老土」過程。
身分迷失，找回自己，復仇從來都是電影的大方向。《攻殼機動隊》的女主角素子也一樣，但她多了一個記憶可被製造和刪除的戲碼。試想想，你一直以為自己活在幸福家庭，但原來你的爸媽早在交通意外中逝世的，你身邊再沒有親人，知悉現實過後你會有甚麼反應?無疑會激動，然後開始疑問，到底還有甚麼可以相信呢？既然記憶可以自由製造和刪減，那麼我是不是真實的存在，或是被製造出來？
素子的「靈魂」先來到世界，然後匯入到現在的載體(好比利用電腦的Ghost備份到新電腦的情況)正似是一個新的生命來臨，這種「新存在」似乎和人沒有分別。他們也是有思考的能力，可以為自己做決定；同樣保留人類的感性的弱點，會收養流浪狗，博士不捨得抹殺素子記憶等…… 可是他們始終都不是完整的，因為他們不可以繁衍下代，沒有將來。
最後，素子再次提醒我們記憶只可以介定自己是甚麼，而作出甚麼行動才能說明自己是誰。正正因此，立身在世的我們更是時候反思怎樣才算一個真正的人，每天營營役役，日復一日，沒有思考的異化生存是沒意義的。作為一個真正的人，該要有思考，有想像力，發揮人性光輝才是真正活著，否則只是一個沒靈魂的傀儡。
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